Huvudstaden Samos kallas Samos eller Vathy stad och är beläget i nordöstra delen av ön, runt viken. Den har en befolkning på cirka 9000 invånare, de flesta arbetar inom turismen. Förutom den nämnda turism har jordbruket en stark närvaro med vin och oliver. Den gamla Vathy är byggt på kullen bakom hamnen. Det är en av de äldsta byarna i Samos. Du kommer att hitta ett antal gamla venetianska och neoklassiska och moderna byggnader. Den förtrollande landskap där husen byggs skapar en attraktiv helhet. Vathi är en av de tre huvudportar på ön. Krogar och caféer ligger runt hamnen och smala gator mellan gamla hus med färgade väggar och välskötta trädgårdar.Bland sevärdheterna i Vathy är kyrkan Agios Spyridon, det bysantinska museet och exceptionella arkeologiskt museum.